Der Ablauf zur Vorbereitung der Zertifizierung und der Ablauf der Zertifizierung selbst können viel Zeit und Aufwand bedeuten, besonders dann wenn eine Organisation, ein Unternehmen das erste Mal diesen Weg zu gehen sich vorgenommen hat. Vor den Zertifizierungsaudits muss das Managementsystem vollständig aufgebaut sein und betrieben werden. Die nötigen Dokumentationen, die im Zertifizierungsaudit abgefragt werden, müssen zur Verfügung stehen, und an entsprechenden Dokumentationen muss für den Auditor erkennbar sein, dass das ISMS betrieben wird und den Forderungen der ISO 27001 Norm folgt. 

Es gibt die Möglichkeit, Abweichungen von diesen Forderungen innerhalb von 3 Monaten nach dem Audit zu korrigieren. Dies verursacht aber weitere Kosten und Aufwände. Erscheinen dem Auditor die Abweichungen so umfangreich, dass diese innerhalb der 3-Monats-Frist voraussichtlich nicht korrigierbar sind, kann der Auditor das Audit abbrechen oder die Empfehlung zur Ausstellung des Zertifikates verweigern. Sind die Gründe für den Abbruch bzw. zur Verweigerung der Empfehlung stichhaltig, plausibel und nachvollziehbar, wird die Zertifizierungsstelle der verweigerten Empfehlung nachkommen und das Zertifikat nicht ausstellen.

Eine Organisation, ein Unternehmen sollte daher gut vorbereitet in ein Zertifizierungsaudit gehen, sodass dieses reibungslos und möglichst ohne nachfolgende Korrekturen vonstatten geht.